办公室（党委办公室）。拟定综合工作制度、年度工作计划和税收宣传工作规划；承担公文处理、信息调研、政务公开、会务管理、来信来访、机要保密、档案管理、督查督办、绩效管理、值班值守、后勤保障、国家安全等工作。
法制股。组织实施依法行政、普法、内部控制和推进海南自由贸易港建设工作；承担重大执法决定法制审核工作；组织协调重大税务案件审理；组织办理税务行政复议、行政诉讼等工作；组织办理涉税反补贴案件应对工作；组织实施税收执法督察；组织实施税收执法责任制工作；督促落实督察审计问题整改；协调配合外部监督和上级监督；参与实施“一案双查”工作。
税政一股。组织实施增值税、消费税、车辆购置税、企业所得税、个人所得税、进出口税收、非居民所得、居民境外所得等征收管理工作；承担相关税种和进出口税收具体业务问题的解释和处理；组织落实相关税种的税收优惠政策；参与相关税种的风险管理和纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作；负责增值税发票管理；组织实施反避税工作；组织实施税收服务“一带一路”建设工作；承担外事管理。
税政二股。组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等征收管理工作；承担相关税种具体业务问题的解释和处理；组织落实相关税种的税收优惠政策；参与相关税种的风险管理和纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作。
社会保险费和非税收入股。组织实施社会保险费和有关非税收入的征收管理工作；组织落实社会保险费和有关非税收入的日常管理、日常检查工作；参与社会保险费和有关非税收入的政策辅导、咨询服务、法律救济等工作。
收入核算股。组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的中长期规划；组织实施免抵调库年度安排；统筹协调组织收入工作；组织实施税收收入的预测分析和重点税源监控管理工作；组织落实会统核算、缴库退库、票证管理等制度，实施会计监督。
纳税服务股。组织实施纳税服务（含缴费服务）工作；承担税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作；承担税收信用体系建设；办理纳税服务投诉和涉税违法举报。
征收管理股。组织落实综合性税收征管法律、法规、规章及规范性文件；组织实施税务登记、纳税申报、普通发票管理等日常征管工作；组织实施征管质量监控评价；组织落实信息化建设工作；承担税务行业标准和业务需求管理。
税收风险管理股。承担税收风险应对任务的整合和推送；组织税收风险管理模型构建、分析识别、任务推送、监控评价、结果反馈等工作；承担各类税收（税费）数据的集中管理、质量控制、分析应用、共享交换及税务云平台管理等事项。
财务管理股。组织实施预决算、基建、会计核算、财务内控和政府采购、资产管理等工作。
组织人事股。组织落实干部人事制度及税务人才队伍建设规划；承担人事、机构编制、公务员管理、教育培训、干部考核、数字人事、劳动工资、职务管理、人事档案、出国政审等工作。
机关党委（党建工作股）。协助本单位党委宣传落实执行党的大政方针，统筹本单位党群工作、思想政治建设、税务文化建设、精神文明建设和统战工作；配合实施巡察工作。
根据有关规定，设置党委纪检组，名称为“中共国家税务总局文昌市税务局委员会纪律检查组”。负责本单位机关和派出机构党的纪律检查工作。
